亳州市人民医院与共和国一同诞生，一起成长。经过近70年为百姓服务的征程，如今已发展成为集医疗、教学、科研、康复、急救、健康维护、司法鉴定于一体的国家三级甲等综合性医院和全国百姓放心百佳示范医院。医院现为安徽医科大学附属亳州医院和安徽理工大学附属亳州医院。
医院现有3个院区。新院区位于高新区，总占地面积360亩，总建筑面积26万平方米，一期工程门诊、医技楼、外科大楼2012年底投入使用，二期工程内科大楼、妇儿大楼2017年1月投入使用;北院区位于城区中心，功能定位主要为医养结合中心;分院市华佗国医馆，突出中医药特色，常年知名中医坐诊。医院编制床位2000张，设置临床医技科室69个，省级临床重点专科4个、市级重点专科32个，十四五省级重点学科候选科室2个，现有员工2865人，高级职称269人，中级职称905人，博士3人，硕士研究生374人。医院配备GE3.OT核磁共振、瓦里安直线加速器、西门子3.0T核磁共振、西门子炫速双源等大型尖端医疗设备。医院管理水平、服务能力、业务总量、内涵建设，逐年向较好态势稳步发展，2020年门急诊量1259851人次，出院83699人次，住院手术24678人次，平均住院日8.7天。
2、亳州市中医院
亳州市中医院始建于1956年，是一所集中医医疗、教学、科研于一体的三级甲等中医医院，是安徽省“北华佗、南新安”重点建设单位，是安徽中医药大学教学医院、安徽中医药大学第一附属医院亳州分院。2020年医院门急诊人次41.17万人次，出院患者3.5万人次。手术量6415人次，介入手术1180例。
医院坐落于亳州市谯城区北一环与魏武大道交叉口。医院占地130亩，建筑面积13万m²，设临床科室26个，医技科室10个，开放床位1000张。 现有职工1000人，其中高级职称70人，硕士78人。
目前拥有国家中医药管理局农村医疗机构中医特色优势重点专科1个，省级重点专科5个、市级重点专科9个。全国老中医药专家学术经验继承工作导师1名、江淮名医1名、安徽省名中医2名、安徽省基层名中医1名，市级名中医及优秀人才10余名，各级各类名老中医工作室10余个。
3、亳州市妇幼保健院（二甲）
亳州市妇幼保健院源于2012年10月成立的亳州市妇幼保健所，2016年1月更名为亳州市妇幼保健计划生育服务中心，2019年7月加挂亳州市妇幼保健院牌子，是一所集医疗、预防、保健、康复、教学、科研为一体的妇幼保健院。
医院位于亳州市高新技术开发区香蒲路与老君大道交叉口，占地20000平方米，总建筑面积30131平方米，设置床位300张。根据国家妇幼健康机构业务科室设置指南精神，医院设“四大部”（孕产保健部、儿童保健部、妇女保健部、计划生育技术服务部），设产科、妇科、儿科、新生儿科、家庭化产房、情景训练中心、水疗中心、儿童心理、儿童营养、身高促进、视训中心、口腔保健、盆底筛查与治疗、孕期心理、孕期营养、乳腺筛查与治疗、中医催乳、熏蒸、婚检、遗传咨询、计划生育新筛、产筛、听筛等业务科室100多个。配有钨靶机、双板DR、腹腔镜、四维彩超等医疗设备600余台（件）。
4、亳州市华佗中医院（二甲）
亳州市华佗中医院始建于1956年，2000年获批“二级甲等中医医院”，是安徽省“北华佗、南新安”中医发展战略的重点建设单位。2017年与省中医院合作建设，现为安徽中医药大学第一附属医院（安徽省中医院）亳州分院、安徽中医药大学临床教学医院、亳州职业技术学院非直属附属医院，是我区唯一一家县级公立医院。
5、亳州市第五人民医院（二甲）
亳州市第五人民医院（亳州市精神卫生中心）于2017 年 5 月 4 日成立，属市直医疗卫生机构，是全市唯一一家二级精神专科现代化公立医院，医院占地 30 亩，建筑面积 2.4 万平方米，设置床位 460 张；设施设备齐全，管理先进，环境一流。承担全市严重精神障碍管理治疗项目任务，负责全市精神障碍患者的筛查、评估、诊断、门诊贫困患者救助、家属护理教育、应急处置、点对点技术指导、基层精防人员的定期培训及各县区项目开展情况的督导等工作。此外，该医院还是全市肇事肇祸和解锁严重精神障碍患者及强制医疗精神障碍患者的定点收治医院。
人员情况：现有职工142人，副高级职称1人，中级职称20人，初级职称117人
6、亳州骨科医院（二甲）
亳州骨科医院是一家集临床、急救、教学、科研、康复、预防、保健于一体，以“人本位”医疗为核心的非营利性二级专科医院，医院占地40亩，建筑面积4万平方米，设置床位299张，现有多名省内知名、本市著名的骨科专家，并与北京、上海、合肥等大型三甲医院建立紧密合作，每周聘请专家坐诊及开展手术。本着“不该做的检查不做，不需要用的药物不用，尽量降低费用，无任何过度治疗，做到无痛、无陪、快速康复”的原则，切实注重患者的疗效、安全和感受，争创百姓放心医院。
7、亳州中心医院（二甲）
亳州中心医院(蚌医二附院亳州医院)是皖北地区集医疗、预防、康复、教学为一体的二级综合性医院；医院占地面积135亩，建筑总面积14万平方米。规划床位1200张。
医院总投资6亿元，按三级医院设计，院区平坦开阔，环境幽雅，流程科学合理，病房宽敞明亮。医院设有肿瘤内科、肿瘤外科、普外科、泌尿外科、脑外科、骨科、手外科、心血管内科、呼吸内科、内分泌科、消化内科、肾内科、血液科、风湿科、神经内科、儿科、妇产科、中医科、皮肤科、五官科、眼科等25个临床科室；全身γ-刀、血透、体检、微创、影像五个中心；检验科、内镜室、B超室、心电室、病理、腔镜等12个医技科室。每个科室都有一位医术高超，医德高尚的专家担任学科带头人。
