本次中期绩效评价工作采取以“双高计划”建设单位自评为基础、省级评价为重点、教育部和财政部两部评价为引导，自下而上、上下结合的方式进行，即首先进行学校自评，然后进行省级评价，最后开展两部评价。评价工作内容包括对197个建设单位绩效评价和对29个省（自治区、直辖市）的省级建设绩效评价两个方面，其中建设单位包括高水平建设学校和高水平建设专业群两类。
教育部明确，对高水平学校建设单位，学校层面的评价分值占比50%，2个专业群的评价分值各占比25%；对高水平专业群建设单位，学校层面的评价分值占比30%，专业群的评价分值占比70%。对省级建设绩效的评价包括管理情况和建设情况两个方面，省级管理情况的评价分值占20%，各地建设单位建设情况的评价分值占80%。在财务绩效评价上，要看筹钱是否足额到位，花钱是否有质有效，管钱是否规范有方。
评价结果采取评分和评级相结合的方式。总分设置为100分，等级划分为四档：90（含）—100分为“优”、80（含）—90分为“良”、60（含）—80分为“中”、60分以下为“差”。其中，对最终评价等级为“优”“良”的建设单位，两部继续予以支持；对评价等级为“中”或出现下列情形的建设单位，限期整改，调减项目经费支持额度，并在建设期满的终期绩效评价结果中予以体现。主要包括：建设进展缓慢，整体进度达不到预期目标的60%的；降低建设目标，减少建设任务或预算的；资金未按建设进度足额到位的，资金使用不符合有关要求的；报送信息失实，比较严重的。对评价等级为“差”或出现下列情形的建设单位，两部中止支持建设，使其退出“双高计划”，且不得再次申请。主要包括：学校违背立德树人根本任务，在思想政治工作上出现重大问题的；偏离国家“双高计划”总体目标、社会贡献度明显较弱或建设任务不到预期目标的30%的；报送信息严重失真，影响恶劣的。
