Autoconfiscated 软件包(即由 Autoconf 及其朋友创建了构建系统的软件包)可以任意深度嵌套。
一个典型的设置是,软件包 A 将在一个子目录中发布它所需要的一个库。这个库 B 是一个完整的软件包,有自己的 GNU 编译系统。A 的 configure 脚本将运行 B 的 configure 脚本作为其执行的一部分;编译和安装 A 也将编译和安装 B。
通过这种方式可以收集多个软件包。GCC 就是这一功能的忠实用户。这样,安装人员只需配置、构建和安装一个软件包,而开发人员则可以独立开发子软件包。

在配置嵌套软件包时,给顶层 configure 的 configure 选项会递归传递给嵌套的 configures。不理解某个选项的软件包将忽略该选项,并假定它对其他软件包有意义。
configure --help=recursive 命令可用于显示所有内含软件包支持的选项。