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VASP实用教程:如何模拟红外光谱和拉曼光谱(光谱模拟脚本命令行接口)

雨夜梧桐 2024-12-07 04:19:47 0

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本文为由小强撰写的《VASP实用教程》第36篇,全系列约60篇,将在近期陆续更新。

最近了解到有些朋友需要模拟红外光谱以及拉曼光谱,今天就和大家分享一下如何模拟红外光谱和拉曼光谱。
我们需要用Phonopy来模拟红外光谱和拉曼光谱。
在这里我们需要用到一个名为Phonopy-Spectroscopy的包,Phonopy-Spectroscopy是一个在Phonopy中增加模拟振动光谱能力的包。
这个软件包包括一个Python模块SpectroscoPy,以及一组用于处理Phonopy和VASP输出的命令行脚本。
特点从Phonopy或VASP计算中计算红外(IR)强度;在远共振近似下计算拉曼活度张量和标量平均强度;准备峰值表,包括将模式分配给不可约表示(Phonopy接口);输出可以自定义的模拟光谱,支持多单元系统和模拟仪器展宽;包括来自Phono3py计算的第一原理模式线宽(Phonopy接口)。
安装该代码依赖于NumPy和PyYAML包,Phonopy接口还需要Phonopy Python库和H5py包。
这四个包都可以从PyPI(通过pip)和Anaconda平台(conda)获得。
此代码当前不附带setup.py脚本。
克隆或下载并解压缩包存储库后,将其添加到PYTHONPATH中,以便命令行脚本可以定位SpectroscoPy,例如:命令行脚本位于Scripts目录中。
为了方便起见,可以将此文件夹添加到PATH变量中,例如:有关脚本接受的命令行参数的描述,请使用-h选项调用它们,例如:

例子在软件包中,有两个例子:苯衍生物:使用Phonopy接口模拟孤立分子的红外光谱,与NIST数据库的气相光谱进行比较;α-SiO2:使用Phonopy接口模拟了α-SiO2(石英)的红外光谱和拉曼光谱,包括用Phono3py计算的第一原理线宽,并与RRUFF数据库的光谱进行了比较。

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