这里再说一下基本设定：生命之树是神创造宇宙万物的蓝图，亚当和莉莉丝是生命的雄体和雌体的最高存在形态，也被称为第一第二使徒。几十亿年前亚当随着白之月到达地球，同时生出了第3～16号使徒。后来黑之月带着莉莉丝到达地球，生出了人类。莉莉丝是第2使徒，人类（LILIN）相当于第18使徒。
在诞生的过程中，其他的使徒全部选择了生命之树的生命果实，所以每一个使徒都有巨大的能量源和无尽的生命力。但是人类选择的是智慧果实，没有能源维持巨大整体，只能以个体的形态存在，这也就导致了人与人之间的隔阂。
人类补完计划就是想通过让所有人类灵魂重新回归莉莉丝，来完成融合，从而消除心灵隔阂实现最终进化。
在圣经中人类被视为恶魔撒旦与莉莉丝的后代，所以也有了人生而有罪的说法。所以神秘组织selee，希望以这种方式进行赎罪。
人类补完计划的措施
selee持有着死海文书，上面记载了很多未知的信息，他们以此为指导文件，拟定了人类补完计划。
人类补完计划的具体操作是：利用搭载着s2机关的eva，对莉莉丝执行处刑仪式。（在旧剧场版中，碇司令掌控着莉莉丝，所以selee退而求其次，使用莉莉丝的复制品，也就是初号机去执行这一仪式，企图完成补完计划。）
S2机关实际上就是生命之果，据死海文书记载，所有使徒被消灭之后，生命之树会重新出现，它的果实也会出现。
所以从一开始nerv造eva打使徒并不是为了保护人类，而是为了让生命之树出现，从而实现自己的目的。
人类补完计划的结果
其实碇司令和selee的关系是貌合神离的，老碇不想以selee的方法完成人类补完。他只想重新见到碇唯，于是他的计划是让亚当和莉莉丝的禁忌融合，成为引导人类补完的人，如果计划完成，碇司令将变成如同神一般的存在。
在剧场版中，碇司令其实只差一步就成功了。藏在老碇手中的亚当胚胎正要与绫波丽结合的时候，绫波丽却听到了真嗣的召唤。
在前面一系列铺垫之下，有了自我意识的绫波丽对老碇说出了“我不是你的玩偶”之后就背叛了他，决定遵从碇真嗣的意志。老碇的“禁忌融合”计划泡汤，但是人类并没有因此得救。
真嗣已经在多次的崩溃之中失去了理智，内心的伤痕被无限扩大，他做出的决定是让人类消失…此时此刻碇真嗣的意志代表了莉莉丝的意志，所以最终几经周折，在莉莉丝的引导下，第三次冲击还是发生了。人类补完计划开始执行，灵魂纷纷回归莉莉丝，肉体化作LCL之海。
一个没有战争，没有悲伤，没有饥饿，没有寒冷的世界诞生了。
