在《Code愿望的代价》里有一款叫CODE的神秘软件在悄然流行，只要对着它许个愿，就能马上帮你实现。无论是一亿日元，还是干掉对手。但事实并非那么简单，这背后是铤而走险，甚至以生命为代价。
男主二宫凑人是神奈川县的一名刑警，他的未婚妻七海悠香在鉴别课工作。原本他们即将步入婚姻殿堂，过上一家三口的幸福生活，不幸却从天而至。一天悠香在处理一起交通案件的时候，在查看行车记录仪时发现了一个与CODE相关的秘密，这也为她的死埋下了隐患。
跟二宫庆祝交往5周年纪念日那晚突然接到让她回单位工作的电话，在结束工作坐电梯时，电梯突然故障，她也遭遇不幸。悠香的死警方只按事故处理，但二宫认为悠香是被人谋害的，因为当晚他开车送悠香去单位，在停车场等她的时候，看到电梯旁边有一个维修工，极有可能是那个维修工对电梯做了手脚。
正当二宫沉浸在痛苦时，朋友佐佐木慎介给他推荐了一款叫CODE的手机软件，只要输入愿望就能实现。他半信半疑在软件里输入了“杀害悠香的凶手是谁？”，CODE传来了画面显示是那个维修工的视频。掌握了这条线索后，二宫和同事百田优一起追到凶手住所，但凶手已经逃走，不久就被人注射过量毒品致死。二宫收到了CODE发来的第一个任务，也顺利完成了。
另一方面，二宫接到自由椎名一树的电话，声称手里有与悠香相关的情报。两人见面后，一树说自己也正在调查CODE，希望能与二宫交换情报，但被二宫拒绝了。一树的队友黑客高手三宅咲趁机黑进二宫的手机。
之后二宫在CODE输入“维修工的共犯是谁”，CODE发来了“维修工与二宫的上司田波秋生”的视频，他马上去找田波对峙，但田波坚称自己没有参与，由于证据确凿，田波被革职查办。后面二宫在解救佐佐木中，发现自己的同事兼好友百田与悠香的死有关。最后百田承认自己是CODE的玩家，他接触CODE也是想为曾经的好友报仇，可一旦接触CODE 就没有回头路了。然后百田开枪自杀。
这边咲在二宫手机里查到佐佐木给二宫的留言。一树找到了正在躲避CODE制裁的佐佐木。佐佐木拜托一树找来二宫，他告诉二宫：最初并不是自己给二宫推荐CODE的，是CODE启动了他的手机自动打给二宫的。CODE的玩家有三颗星，表示有三次许愿的机会，每实现一次愿望，就要执行一次CODE发布的任务，如果任务执行失败或者不执行就会掉一颗星，三颗星掉完就会收到制裁。而且任务一次比一次难，最后一次基本都是杀人的任务，根本就是恶性循环。并且CODE里除了“玩家”，还有“管理员”。
佐佐木还没交代完就被前来执行制裁任务的其他玩家杀害了。一树他们为救佐佐木，在跟杀手缠斗中注意到一名手戴蓝色编织绳的短发女子，该名女子也许与CODE有关。
这名女子叫三轮，有一个身患重病急需手术的儿子，但手术费用极高，支付不起，无奈之下用了CODE。三轮收到了“干掉二宫”的任务，二宫早有防备，三轮任务失败面临制裁，二宫与一树他们保护了三轮和他儿子。三轮告诉二宫，她只是CODE的“监督员”，并不是管理者。并且如果玩家很久都没许愿，CODE就会提醒玩家许愿，若不许愿也会遭到制裁。最后他们决定合作找到CODE幕后使者并摧毁CODE。
一树和咲追查CODE 的初衷是为了帮因调查CODE而死的前辈三宅直人报仇。他们根据直人留下的资料，寻踪找到了CODE的开发公司LANLY，并找到了LANLY的前员工小岛明日香。而她刚好是悠香的闺蜜，曾参与过CODE的开发，随着发布一些跟CODE相关的负面消息，明日香直觉CODE 有问题，她查了CODE的代码，发现一些代码里的规则跟违法犯罪事件相关。公司的程序员陆续辞职，明日香也发现不对劲，感觉自己随时可能遭遇不测，便躲了起来。她之前与悠香吐露过对CODE隐患的担忧，悠香是被卷入这场阴谋中来的。
根据明日香的讲述，二宫他们将目标锁定在CODE的社长市川身上。市川大言不惭地告诉他们，他想要让神奈川县导入一款安全隐患排查系统“PROPHET”，旨在快速找出有危害社会倾向的罪犯，来应对CODE带来的危害。并且市川为了加快推进项目，让CODE浮出水面，在网络上迅速发酵。
所以，特地整个CODE出来危害社会，就是为了卖系统“PROPHET”？市川的真正目的到底是啥呢？剧还在更，咱也不清楚。最可怕的是市川并不觉得他这是在害人，还把所有责任推给CODE玩家，是玩家的贪欲才致使他们走上不归路的。固然玩家有不可推卸的直接责任，但为一己私利，玩弄人心，罔顾人命，就事不关己，高高挂起吗？
